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常见的亲子鉴定方法有DNA鉴定、血型测试以及染色体鉴定。当前准确率、且认知度较为广泛是DNA鉴定方式。
鉴定亲子关系当前用得最多的是DNA分型鉴定。人的血液、毛发、唾液、口腔细胞等都能够用于用亲子鉴定，十分方便。
一个人有23对（46条）染色体，同一对染色体同一位置上的一对基因称为等位基因，一般一个来自父亲，一个来自母亲。如果检测到某个DNA位点的等位基因，一个与母亲相同，另一个就应与父亲相同，否则就存有疑问了。
利用DNA实行亲子鉴定，只要作十几至几十个DNA位点作检测，如果全部一样，就能够确定亲子关系，如果有3个以上的位点不同，则可排除亲子关系，有一两个位点不同，则应考虑基因突变的可能，加做一些位点的检测实行辨别。DNA亲子鉴定，否定亲子关系的准确率几近100%，肯定亲子关系的准确率可达到99.99%。
血型测试实行亲子鉴定就是通过对血型的检验比对来确亲子关系。
依据19世纪末被确认的孟德尔遗传定律，人们理解到人类的血型是按照遗传基因传为下一代，故一定血型的父母所生子女也具有相对应的血型，这为血型鉴定亲子关系奠定了基础。
用于血型检验来鉴别亲子关系的血型系统主要有：ABO血型系统、MN血型系统、Rh血型系统、Ss血型系统、hp血型系统。
检验的血型系统越多，其准确性就越高，如果血型检验的结果表时无遗传关系，可作出否定亲子关系的结论，但结果存有遗传关系也不能完全确定是亲子关系。
二十世纪七十年代，人们发现能够用白血细胞的抗原来实行亲子鉴定，准确性可达80%。再结合血型检验，能达到较高的准确水准。
20世纪80年代，医学家们又开创了使用染色体多态性鉴定亲子关系的技术，染色体多态性又称异态性（heteromorphism)，是指正常人群中常见的各种染色体形态的微小变异（如：随体增大、重复或缺如，着比粒区的荧光强度变异等），这种多态是能够遗传的。这项技术就是利用其形态来鉴定亲子关系，这要靠技术人员的主观判断，其准确率也不尽如人意。
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