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亲子鉴定是通过对人类遗传标记的检测，根据遗传规律分析，对是否为血缘关系进行的鉴定。有些人彼此的基因相似度比率仅有2%-8%，许多网友表示质疑说，人和某些哺乳动物如猪、大猩猩的基因相似率都在90%左右，所以人类之间这个比率是不可能的。也有一些人认为，两个完全没有血缘关系的人，基因相似度比率或许在个位数。但目前，尚且没有相关研究，因为“没有血缘关系”这件事本身就很难界定，也许随意的两个样本在某种程度上依然有血缘关系。因而迄今为止，亲缘关系鉴定或亲子鉴定只能证明两人之间不具有同胞兄弟姐妹关系或父母子关系，很难证明两人之间是否存在微弱的血缘关系。
所以，在做亲子鉴定的时候，一般只选取20-50个左右的基因座作为标记，即选择人类基因组中很少的一部分具有一定特征的基因座。因而，亲子鉴定中的基因相似度比率与不同物种之间的基因相似率无法比较。
1984年，英国莱斯特大学的遗传学家Jefferys及其合作者首次将分离的人源小卫星DNA用作基因探针，同人体核DNA的酶切片段杂交，获得了由多个位点上的等位基因组成的长度不等的杂交带图纹，这种图纹极少有两个人完全相同，其个体识别能力足以与手指指纹相媲美，故称为“DNA指纹”，由于其特异性较强，而被应用于亲子鉴定中。
随着技术的进步，鉴定亲子关系的方式也随之变化，目前最常用最准确的则是DNA-STR鉴定，人的血液、毛发、唾液、口腔细胞等都可以用于亲子鉴定。而DNA-STR鉴定的科学原理则是基于孟德尔定律：两个数字相同，就代表纯合子，不一样的就代表杂合子。纯合子无论如何只能出来一种配子，而杂合子可以出来两种类型的配子。目前正是根据这一定律，进行亲子鉴定。
众所周知，一个人有23对(46条)染色体。在同一对染色体同一位置上的一对基因称为等位基因，一般一个来自父亲，一个来自母亲。如果检测到某个DNA位点的等位基因，一个与母亲相同，另一个就应与父亲相同，否则就存在疑问了。
利用DNA进行亲子鉴定，只要选取一些基因座做检测，如果全部一样，就可以确定亲子关系;如果有3个以上的位点不同，则可排除亲子关系;若是有一两个基因座不匹配，则可以考虑基因突变的可能，需增加一些基因座进行辨别。
正常情况下，人一共有23对染色，每一对都是两条，一般都分别来自于父亲和母亲。检测的时候只要对一定数量的DNA位点做检测，如果分别和父母一样，那么就是亲生的，否则就存在疑问了。
如果只有1-2个位点不匹配，就要加做一些位点的检测，因为有基因突变的可能。3个以上的位点不匹配，基本上就不是亲子关系。
20世纪80年代，医学家们又开创了使用染色体多态性鉴定亲子关系的技术，染色体多态性又称异态性(heteromorphism)，是指正常人群中常见的各种染色体形态的微小变异(如：随体增大、重复或缺如，着比粒区的荧光强度变异等)，这种多态是可以遗传的。这项技术就是利用其形态来鉴定亲子关系，这要靠技术人员的主观判断，其准确率也不尽如人意。
鉴定原理：正常人的染色体形态大多有些很微小的变异，而这种多态也是会遗传的。不过这项技术主要是技术人员观测并且做判断，所以准确度还不是很高。
血型测试进行亲子鉴定就是通过对血型的检验比对来确亲子关系。依据19世纪末被确认的孟德尔遗传定律，人们认识到人类的血型是按照遗传基因传为下一代，故一定血型的父母所生子女也具有相应的血型，这为血型鉴定亲子关系奠定了基础。此外，上个世纪专家们发现白血细胞的抗原也可以拿来做为参考数据，配合血型系统检测可以达到比较高的准确性。
鉴定原理：孟德尔遗传定律指出，人类的血型会被遗传给下一代，所以子女的血型与父母的血型有着重要联系。目前有多种血型系统来可以鉴别出是否亲生，而检测的血型系统越多，那么准确度也越高。
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